Estoy empleado por cuenta ajena en una empresa, pero tengo tiempo libre para realizar proyectos, ¿puedo utilizar Malt?

Sí, puedes utilizar Malt. Según la última ley de emprendedores aprobada en mayo de 2013, puedes darte de alta en el régimen especial de trabajadores autónomos con ciertas bonificaciones, y compaginar ambas actividades.